随着细胞分离新技术和单细胞测序新方法和新应用的发展，单细胞鉴定和研究领域取得了重大进展。这些进展为单细胞测序工作流程的每个步骤（从单细胞制备到数据分析）催生了大量可用的商业化解决方案。随着单细胞分离和检测的选项越来越多，实验方案的多样性显著增加，每种方案都有其固有的优缺点。

因此，研究人员面临着诸多决策问题，例如细胞通量、测序深度、所需转录本长度、是否应纳入表观遗传或蛋白水平测量等。想要充分利用单细胞测序来阐明复杂的生物系统，精心设计实验和优化工作流程的每个步骤至关重要。

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