第一部分：病例描述
主诉：患者 XXX, 男，68 岁，咳嗽咳痰伴胸痛两月余。
现病史：患者 2 月前无明显诱因出现咳嗽、胸痛，咳嗽为阵发性，伴咳痰，大量白色泡沫痰，约 20 口/日，白天量多，痰较易咳出，无咯血，痰中不带血。胸痛为于右侧上胸部，于吸气、咳嗽或转身时疼痛增强，不伴颈部、及肩背部放射痛。患者于 2020-10-16 就诊于邳州市人民医院，行胸部 CT 示: 右肺上叶高密度灶，炎症? 干酪性肺炎? 建议结合临床及 PPD 检查、痰检、治疗后复查。两肺间质性改变。两肺肺气肿，肺大泡。收入院，予以抗炎抗感染治疗。住院过程中，患者有发热症状，体温多波动于 37.5℃ 左右，早晚六点出现发热，后自行消退，热退后为正常体温，伴乏力、头痛，伴畏寒寒战，全身酸痛不明显，无关节疼痛，无咽痛，无明显憋喘。患者于 2020-10-29 出院，现患者为进一步治疗就诊，门诊以「肺部阴影待查?」收治入院。病程中患者无盗汗，无咯血、无皮疹，无光过敏，无尿频、尿急、尿痛，无腹痛、腹泻、呕吐。目前患者精神、食欲、睡眠欠佳，大小便如常，体重较前下降 (具体不详)。
既往史：平素健康状况良好，否认肝炎、结核等传染病史，否认高血压、糖尿病、癫痫等慢性病史，否认手术、外伤、输血史，否认食物、药物过敏史，预防接种史不详。
初步诊断: 肺部阴影待查 1.1 肺部感染 1.2 肺癌
第二部分：常规检测结果、常规病原学检测结果等
2021-11-05：
【CT 胸部增强】右肺上叶高密度灶，炎症? 干酩性肺炎? 建议: 结合临床及 PPD 检查、痰检、治疗后复查。两肺间质性改变。两肺气肿、肺大泡。
2020-11-06:
【血常规+hsCP(快速)】白细胞计数 10.5（10^9/L）↑，中性粒细胞百分比 83.6（%）↑，淋巴细胞百分比 13.8（%）↓，单核细胞百分比 2.3（%）↓， 嗜酸粒细胞百分比 0.0（%）↓，嗜碱粒细胞百分比 0.1（%），中性粒细胞计数 8.76（10^9/L）↑，淋巴细胞计数 1.4（10^9/L），单核细胞计数 0.24（10^9/L），嗜酸细胞计数 0.00（10^9/L）↓，嗜碱粒细胞计数 0.01（10^9/L），红细胞计数 3.93（10^12/L）↓，血红蛋白 114（g/L）↓，红细胞比容 34.4（%）↓，平均红细胞体积 87.5（fl)，平均血红蛋白含量 29.0（pg), 平均血红蛋白浓度 331（g/L），红细胞分布宽度 S 43.7（fl），红细胞分布宽度 13.5（%），血小板分布宽度 9.9（%），血小板计数 338（10^9/L），血小板压积 0.32（%），平均血小板体积 9.5（fl)，大型血小板比率 19.0， C 反应蛋白（快)>200.0(mg/L)↑；
【尿常规化学+尿沉渣定量检测】尿蛋白+- ↑，尿隐血 1+ ↑，红细胞 33.80(个/uL)↑；
【血沉】血沉 87(mm/h)↑；
【肾功+eGFR+血脂七项+血糖 (0.0 空腹)+电解质 (血)+脑钠肽+降钙素原检测（PCT)】谷草转氨酶 50（U/L）↑， 谷丙转氨酶 49 （U/L），谷氨酰转肽酶 88（U/L）↑，碱性磷酸酶 103（U/L），前白蛋白 0.122（g/L）↓，总蛋白 75.8（g/L），白蛋白 35.1（g/L）↓，总胆红素 6.1（umol/L），直接胆红素 1.8（umol/L），总胆汁酸 4.8（umol/L）， 胆碱酯酶 4130（IU/L）↓，尿素 6.19 （mmo1/L), 肌酐 47（umo1/L），尿酸 195（umo1/L），胱抑素 C 0.94(mg/L)，肾小球滤过率 >120（ml/min）， 葡萄糖 9.09（mmo1/L）↑，总胆固醇 4.13（mmol/L），甘油三脂 0.74（mmol/L），高密脂蛋白 1.26（mmol/L），低密脂蛋白 2.45（mmol/L），载脂蛋白 A 1.08（g/L），载脂蛋白 B 0.09（g/L），脂蛋白（a）389(mg/L)↑，钾 4.91（mmol/L）, 钠 134.6（mmol/L）↓, 氯 95.7（mmol/L）↓, 镁 0.86（mmol/L）, 钙 2.34（mmol/L）, 磷 1.48（mmol/L）, 碳酸氢根 17.5（mmol/L）↓, 乳酸脱氢酶 251（U/L）↑，肌酸激酶 116（u/l），肌酸激酶同工酶 2.06（ng/ml），降钙素原 0.20（ng/ml）；
【肺部肿瘤六项】癌胚抗原 [CEA] 2.55（ng/ml）， 糖类抗原 [CA125] 46.05（U/ml）↑，神经元烯醇化酶 [NSE] 28.99（ng/ml）↑， 肺癌抗原 [CYFRA21-1] 4.47（ng/ml）↑，鳞状细胞癌相关抗原 [SCCA] 0.88（ng/ml），胃泌素释放肽前体 [Pro-GRP] 33.91（pg/ml）；
【胸苷激酶 1(TK1) 测定】胸苷激酶 1 测定 0.54（pM）；
2020-11-07:
【肝功+肾功（eGFR）+电解质（血）+降钙素原检测 (PCT))】谷草转氨酶 73(U/L)↑, 谷丙转氨酶 68（U/L)↑，谷氨酰转肽酶 64（U/L)↑，碱性磷酸酶 79(U/L), 前白蛋白 0.109（g/L）↓，总蛋白 57.8（g/L）↓，白蛋白 24.6（g/L）↓，总胆红素 2.0（umol/L）, 直接胆红素 1.5（umol/L），总胆汁酸 5.5（umol/L）， 胆碱酯酶 3072（IU/L）↓，尿素 6.75 （mmo1/L), 肌酐 45（umo1/L），尿酸 220（umo1/L），胱抑素 C 0.96(mg/L)，肾小球滤过率 >120（ml/min），钾 3.80（mmol/L）, 钠 137.5（mmol/L）, 氯 98.5（mmol/L）↓, 镁 0.84（mmol/L）, 钙 2.13（mmol/L）, 磷 0.88（mmol/L）, 碳酸氢根 20.5（mmol/L）, 降钙素原 0.14（ng/ml）；
2020-11-09：
【真菌 G 试验+G M 试验】曲霉菌抗原检测 0.5 ；
【痰培养 (含药敏) 双卡（微生物）】正常菌群生长；
【血气分析】酸碱度 7.50↑，二氧化碳分压 33.0（mmHg）↓，氧分压 165（mmHg）↑， 阴离子间隙 8（mmo1/L），碳氧血红蛋白 2.1（%）↑，氧和血红蛋白 96. 4（%），还原血红蛋白 0.5（%），高铁血红蛋白 1.1（%），肺泡动脉氧分压 8（mmHg）， pH 体温校准 7.500，二氧化碳（T) 33.0（mmHg），Ca++(7.4) 1.17 (mmo1/L) ，碳酸氢根 25.7(mmo1/L),HC03std 27.0 (mmol/L), 二氧化碳总量 26.7(mmol/L), BEef 2.5(mmo1/L), 剩余碱 2.7(mmo1/L), pA02 0.95, 氧分压 165.0(mmHg)，血糖 5.8（mmol/L）↑， 乳酸 0.7（mmol/L），钾 3.39（mmol/L），钠 128（mmol/L），钙 1.12（mmol/L），氯 98.0（mmol/L），氧饱和度 100（%）↑，红细胞比积 31（%）↓，血红蛋白 105（g/L）↓，体温 37.0（℃），氧和指数 550 ↑，吸氧浓度 30.0（%），总胆红素 6.00（Umol/L）；
2020-11-10：
【糖化血红蛋白+抗碱血红蛋白测定】葡萄糖化血红蛋白 [HbA1c] 6.60（%）↑，抗硷血红蛋白 0.40（%）；
【血糖（0.0 空腹）+降钙素原检测（PCT)】葡萄糖 5.23（ mmo1/L）， 降钙素原 0.10（ng/ml）；
【血常规+hsCP(快速)】白细胞计数 9.6（10^9/L）↑，中性粒细胞百分比 75.8（%）↑，淋巴细胞百分比 13.7（%）↓，单核细胞百分比 8.1（%）， 嗜酸粒细胞百分比 2.3（%），嗜碱粒细胞百分比 0.1（%），中性粒细胞计数 7.27（10^9/L）↑，淋巴细胞计数 1.3（10^9/L），单核细胞计数 0.78（10^9/L）↑，嗜酸细胞计数 0.22（10^9/L），嗜碱粒细胞计数 0.01（10^9/L），红细胞计数 3.36（10^12/L）↓，血红蛋白 98（g/L）↓，红细胞比容 29.9（%）↓，平均红细胞体积 88.9（fl)，平均血红蛋白含量 29.0（pg), 平均血红蛋白浓度 327（g/L），红细胞分布宽度 S 42.3（fl），红细胞分布宽度 13.5（%），血小板分布宽度 15.2（%），血小板计数 345（10^9/L），血小板压积 0.26（%），平均血小板体积 7.6（fl)，大型血小板比率 9.9 ↓， C 反应蛋白（快)143.5(mg/L)↑；
2020-11-11：
【凝血功能 2（急）(7 项)】 抗凝血酶 III 活性 63（%）↓，凝血酶原时间 12.9（sec），百分活动度 77.1（%），凝血酶原时间比值 1.12，国际标准化比值 1.13，活化部分凝血活酶时间 31.6（sec）↑，纤维蛋白原 7.590（g/1）↑，凝血酶时间 14.7（sec）， D-二聚体 (仪器法) 1.98(ug/mL)↑, 纤维蛋白原降解产物 10.30(mg/L)↑；
2020-11-12：
【结核特异性γ干扰素】结核γ干扰素 (CLIS) 15.00（pg/ml)↑, 阴性对照 (N) 12(pg/ml), 测试值 (T) 27 (pg/ml), 阳性对照 (P) 2047(pg/ml);
【涂片找抗酸杆菌+涂片找真霉菌】未找到抗酸杆菌，未找到真菌；
2020-11-13：
【结核分枝杆菌及耐药基因快速检测】probeA 阳性，probeB 阳性，probeC 阳性，probeD 阳性，probeE 阳性，结核分枝杆菌 DNA 阳性，利福平耐药检测 未检出；
【厌氧菌培养与鉴定（微生物）】培养未检到厌氧菌；
第三部分：mNGS 检测
2020-11-13，入院后 8 天送检 标本类型：肺泡灌洗液
第四部分：鉴别诊断
- 肺结核: 多隐匿起病，有低热、盗汗、消瘦等结核中毒症状，病灶多位于上叶尖后段、下叶背段，患者既往肺结核病史，可行 PPD 试验、痰涂片抗酸杆菌等检查进一步明确。
- 肺癌: 多有嗜烟史，可有咯血、胸痛、消瘦等临床表现，影像学检查可发现肺内软组织影，痰细胞学、血清肿瘤标志物、支气管镜等检查可提供诊断依据。本例临床表现不符。
第五部分：治疗经过及预后
入院后完善相关检查: 血常规+hsCRP(快速)(2020-11-06): 白细胞计数 10.5(10~9/L)↑，中性粒细胞百分比 83.6(%)↑，红细胞计数 3.93(10^12)↓，C 反应蛋白 (快)>200.0(mg/L)↑；肝功+肾功+eGFR+血糖 (0.0)(2020-11-06): 白蛋白 35.1(g/L)↓，白球比 0.86↓，葡萄糖 9.09(mmo1/L )↑;血沉 (2020-11-06): 血沉 87(mm/h)↑；血气分析 (RICU)(2020-11-09): 酸碱度 7.50↑，二氧化碳分压 33.0(mmHg)↓，氧分压 165(mmHg)↑，真菌 G 试验+CM 试验 (2020-11-09): 曲霉菌抗原检测 0.6↑；血常规+hsCRP(快速)(2020-11-10): 白细胞计数 9.6(10^9/L)↑，红细胞计数 3.36(10^12/L)↓，C 反应蛋白 (快)143.5(mg/L)↑；糖化血红蛋白+抗碱血红蛋白测定 (HBF)（2020-11-1): 葡萄糖化血红蛋白 [HbAle]6.60(%)↑；真菌 G 试验+GM 试验 (2020-11-11): 曲霉菌抗原检测 1.0↑；凝血功能 2(急)(7 项)(2020-11-11): 抗凝血酶 III 活性 63(%)↓，D-二聚体 (仪器法)1.98(ug/mL)↑，纤维蛋白原降解产物 10.30(mg/L)↑;结核分枝杆菌及耐药基因快速检测 (2020-11-13): probea 阳性↑，probeB 阳性↑，probeC 阳性↑，probeD 阳性↑，probeE 阳性↑，结核分枝杆菌 DNA 阳性↑，利福平耐药检测未检出；(胸部 CT 2020-11-05): 轴位+多平面重建示: 右肺上叶示多发片状高密度影，增强双期 CT 值约 18/34 HU，部分病灶内可见支气管充气征及多发无壁空洞影；两肺多发条索状、网格状密度增高影。两肺气肿、肺大泡。气管及两侧主支气管通畅。纵隅内未见明显增大淋巴结影。两侧胸腔未见明显积液征象，常规心电图检查 (2020-11-06):1、窦性心律 2、正常心电图。患者住院初血糖及糖化血红蛋白较高，予血糖谱监测，患者及家属未及时予完善，无法得出正确血糖谱波动，建议及时检测，内分泌科随诊。2020-11-08 患者至肺功能室行 PPD 试验，因患者未及时于 48 h、72 h 后再行观察与测量，故 PPD 结果不明。入院以来予头孢哌哃钠舒巴他钠、左氧氟沙星抗炎，热毒宁降温，布地奈德混悬液、乙酰半胱氨酸祛痰。患者仍反复发热，多波动于 38.2℃，热时予复方氨林巴比妥降温。于 2020-11-12 行气管镜检查: 于声门、气管、左右侧主支气管及各叶段未见新生物，送检右上叶后段灌洗液及刷片: 未找到真菌及抗酸杆菌。2020-11-13 肺泡灌洗液送检结核分枝杆菌及耐药基因检测 probea-E(+)，结核分枝杆菌 DNA(+)，目前患者不能排除肺结核。现患者仍有反复发热，为求进一步明确诊断，建议至传染病院就诊，请示上级医生后，予以出院。
案例总结：
患者既往有结核病史，根据影像学提示患者有肺部结核可能，院内 PCR 以及送检 NGS 结果均提示结核并且检出耐药菌群，NGS 提示患者真菌混合结核感染。
Q-mNGS 能及时准确的明确致病菌，指导精准治疗，对临床帮助极大。
