一、 病例描述
患者，老年男性，因「发热伴咳嗽、咳痰 1 月」于 2020 年 12 月 16 日入院。患者 1 月前因受凉感冒后出现发热，最高体温 39.7℃，伴畏寒、寒战，伴乏力、纳差、全身肌肉酸痛，伴头痛、胸闷，伴干咳，无头晕，无咽痛，无心慌、胸痛，无恶心、呕吐，无腹痛、腹泻，无尿频、尿急、尿痛等。曾于德州市某医院就诊，给予「左氧氟沙星联合哌拉西林他唑巴坦」治疗 10 天，病情无缓解。既往有「高血压病」病史 7 年，平素口服「硝苯地平缓释片 30 mg/d」，血压控制可；糖尿病病史 7 年，平素应用「盐酸二甲双胍缓释片 0.5 g/次 3 次/d」治疗，未规律监测血糖；「冠状动脉粥样硬化性心脏病」病史 7 年，口服「阿司匹林肠溶片 100 mg/d」治疗；「陈旧性脑梗死」病史 40 年。个人史、婚育史及家族史无特殊。
二、 入院后相关辅助检查
血常规：WBC 14.9×109/L，N% 82.3%，L% 12.9%。粪便潜血弱阳性。CRP：81.8 mg/L。ESR：39 mm/h。白细胞介素-6:72.01pg/ml。降钙素原：0.59ng/ml。肝肾功能、血气分析、T 细胞绝对值计数、类风湿因子、抗链球菌素 O、抗核抗体谱、乙肝三系、术前四项、肿瘤标记物、血气分析、G 试验、GM 试验、伤寒抗体、流行性出血热抗体、两次双侧双瓶血培养、痰细菌、真菌、抗酸杆菌涂片及培养、气管镜检查刷检细菌培养、支气管肺泡灌洗液细菌培养、支气管肺泡灌洗液 G 试验和 GM 试验、支气管肺泡灌洗液呼吸道病原菌 13 项、EB 病毒核酸检测、CMV 病毒核酸检测、布氏杆菌抗体检测均阴性。胸部 CT（图 1）：左肺上叶、右肺下叶条索状、斑片状高密度影，左肺上叶为著，边界模糊。PET-CT：双肺多发结节样及实变高密度并部分伴糖代谢增高，考虑为炎性病变；纵隔淋巴结慢性炎症；冠状动脉钙化；脊椎骨髓反应性增生；脊椎退行性变；双膝关节退行性变，右膝关节少量积液；肝囊肿；胃底及胃窦部炎症；前列腺增生并钙化；多发腔隙性脑梗死及缺血灶；右侧上颌窦囊肿。气管镜检查：右肺：各级支气管管腔通畅，粘膜充血、水肿，未见新生物；左肺：左下叶、舌叶支气管管腔通畅，粘膜轻度充血，管壁附着少量白色分泌物，未见新生物；左上叶支气管粘膜充血、水肿，左上尖、后段管口肿胀轻度狭窄，未见新生物。
三、 mNGS 检测
患者入院先后给予美洛西林舒巴坦、美罗培南加强抗革兰氏阴性杆菌治疗，但 72 小时患者病情无明显变化。遂于 12 月 21 日行气管镜检查，送我院常规微生物检测的同时送 mNGS。12 月 22 日 mNGS 结果回报：腐生葡萄球菌（Staphylococcus saprophytious），序列数 547，丰度 21.27% ；绿色气球菌（Aerococcus-viridans），序列数 124，丰度 4.82%；大芬戈尔德菌（Finegoldia-magna），序列数 139，丰度 5.40%；无耐药基因。
四、 鉴别诊断
1. 普通细菌感染：该患者有糖尿病病史，易于发生金黄色葡萄球菌，肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌等革兰氏阴性杆菌感染，但该患者细菌培养未见致病菌，且针对常规病原体应用经验性抗感染，效果欠佳。因此考虑可能为少见致病菌感染的可能性大。
2. 肺结核：患者病程超过 2 周，院外抗感染效果欠佳，胸部 CT 可见以左肺上叶为主的多发结节影、斑片状实变影，支持肺结核的诊断；但患者无乏力、盗汗、体重下降，肺内病灶形态相对单一，无结核沿气道播散所形成的树芽征，亦无结核灶坏死物排出后形成的空洞。喹诺酮类药物作为二线抗结核药物对结核分枝杆菌具有一定的作用，但该患者应用左氧氟沙星抗感染治疗 10 天，病情无明显缓解。因此综合考虑，患者结核的可能性小，需进一步完善结核相关检查。
3. 肺恶性肿瘤：患者以感染症状为主要表现，且平扫 CT 及 PET-CT 未见明显肿瘤性病变，血肿瘤标记物未见明显异常，故给予排除。
4. 肺真菌菌病：患者有糖尿病，抗细菌感染效果欠佳，胸部影像学可见结节状影、斑片状实变影，支持诊断。但血清及肺泡灌洗液 G 试验、GM 实验均阴性，且痰培养未见真菌，因此排除。
5. 肺隐球菌：隐球菌感染临床无特异性，多表现为无症状感染，但部分患者也可表现为发热、咳嗽、咳痰，胸部影像学表现为肺内孤立结节伴晕征，或斑片状实变及大片状实变，无特异性。血清隐球菌荚膜抗原阳性，有助于支持诊断。但该患者未进行该项检查，因此暂不能排除。
6. 血管炎相关性疾病：临床可表现为发热、咳嗽、咯血等；ANCA 相关抗体阳性，影像学表现为多发结节影，多于血管相关。该患者血管炎相关抗体阴性，因此暂排除。
综上，结合患者 mNGS 检测结果并查阅相关文献，最终诊断为：腐生葡萄球菌肺炎。
五、 治疗经过及预后
患者入院后先后给予美洛西林舒巴坦（12 月 16 日-18 日，美罗培南（12 月 18 日-30 日），每日仍发热，体温波动在 37.9-40.0℃，利奈唑胺（12 月 22 日-30 日），应用 3 天后，患者体温逐渐下降，于 12 月 25 日降至正常，加用利奈唑胺治疗 7 天后，血常规、白介素-6、CRP 降至正常，01.28 复查胸部 CT，双肺炎症，较前吸收，范围减小（见图 2），予以出院。
六、 案例总结
该患者表现为长期发热伴肺内阴影，首先需进行感染性疾病和非感染性疾病的鉴别。患者病程呈亚急性，以感染症状为主，且有糖尿病，因此我们仍考虑为社区获得性肺炎，给予覆盖革兰氏阴性杆菌抗感染治疗，但经美罗培南抗感染后，患者病情无缓解。因此，我们再次复习《中国成人社区获得性肺炎诊断和治疗指南 (2016 年版)》[1]，并结合抗核抗体、PET-CT 等检查结果，考虑患者发热由肺内病变所致，感染的可能性大，但病原体不明确，且患者以干咳为主。随后我们进行了气管镜检查，取灌洗液送我院常规细菌相关检查，同时外送 mNGS。
48 小时后 mNGS 结果回报：腐生葡萄球菌（547），绿色气球菌（124），大芬戈尔德菌（139）。其中腐生葡萄菌序列数最高，考虑为致病菌的可能性大。腐生葡萄球菌是人类正常菌群的一部分，寄生于会阴部、直肠、尿道、宫颈和胃肠道，是革兰染色阳性、凝固酶阴性、非溶血性球菌，是非复杂尿路感染的常见原因，特别是在年轻的性活跃的女性。少见的情况下，它会引起急性肾盂肾炎、尿道炎、附睾炎和前列腺炎等并发症 [2]。
国内外少量文献报告腐生葡萄球菌是院内或社区获得性肺炎的少见致病菌 [3-5]。即该菌除可引起泌尿系感染外，也可引起肺部感染。我院常规微生物学检测阴性，考虑与其院内、院外应用抗生素有关。mNGS 作为常规检测结果阴性时的补充检测手段 [6]，为我们调整治疗方案提供了一定的参考。
那么在无痰培养结果、药敏的情况如何选择抗生素呢？。考虑利奈唑胺对敏感葡萄球菌及耐甲氧西林金葡菌均有治疗作用，且在肺泡内的浓度优于万古霉素，因此我们选用利奈唑胺。24 小时后患者体温即逐渐下降，约 1 周后复查胸部 CT，肺内病灶明显吸收。
mNGS 是一个近年来新生的事物，是目前感染方面研究的热点内容，有关标本取材、运输、检测、质控、结果解读等均尚存在诸多问题。因此，我们临床医生需熟悉其检测原理及检测过程，为我们解读结果提供支撑。当我们获得相关检测结果后，需了解所检测出的可能致病菌的测序序列、测序深度、基因组覆盖度等，帮助我们结合临床，判断其是否为致病菌。
图 1：12 月 16 日胸部 CT。
图 2：1 月 28 日胸部 CT。
参考文献
[1] 中华医学会呼吸病学分会. 中国成人社区获得性肺炎诊断和治疗指南 (2016 年版). 中华结核和呼吸杂志. 2016. 39(4): 253-279.
[2] StatPearls. 2021. Treasure Island (FL). StatPearls Publishing.
[3] Hell W, Kern T, Klouche M. Staphylococcus saprophyticus as an unusual agent of nosocomial pneumonia. Clin Infect Dis. 1999. 29(3): 685-6.
[4] 安庆丽. 老年医院获得性肺炎病原学特点及预后危险因素分析. 华北理工大学, 译. 见: 喻昌利, 主编. 内科学. ,2016.
[5] 肖丽. 下呼吸道感染病原菌分布变化趋势及耐药性分析. 河北北方学院, 译. 见: 张志华, 主编. 呼吸内科. ,2018.
[6] 中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识. 中华传染病杂志. 2020. 38(11): 681-689.
